Монастырь был основан около 1567 года святителем казанским (1564—1566 гг.) Германом, первоначально как подворье основанного ранее в 1555 году св. Германом Свияжского Успенского монастыря, в котором он в течение 9 лет был настоятелем. Подворье упоминается в писцовой книге 1565 года.

В 1594 году митрополит казанский Гермоген, будущий Патриарх Всея Руси прославленный в лике святых, просил царя Феодора Иоанновича открыть в Казани Иоанно-Предтеченский монастырь на основе подворья Свияжского Успенского монастыря. 28 января Феодор Иоаннович издал указ об открытии монастыря.

Первоначально все постройки были деревянными. В 1649 г. пожар уничтожил все строения, после чего в 1649—1652 гг. монастырь заново отстроен в камне на средства богатого московского купца «торгового человека гостиной сотни» (в те времена это самый высокий купеческий титул после «гостя», купцы принадлежавшие к гостиной сотне торговали со странами Востока и Запада по водным путям и были очень состоятельными людьми, имели фамилии, в документах именовались полным именем) Гавриила Фёдорова-Антипина.

Таким образом центр города украсил уникальный ансамбль, все строения которого возведены не просто в одну эпоху, а практически единовременно в 1649-52 гг. За три года был выстроен великолепный холодный 3-шатровый Иоанно-Предтеченский собор с двумя приделами, 5-купольная Введенская церковь с тесаными наличниками и восьмигранная колокольня с огневидными кокошниками и небольшим куполом (примечательно, что маковка купола (под металлом) полностью сложена из кирпича). Первоначально трехшатровый храм назывался, возможно, Входоиерусалимским, (позднее был переименован в честь одного из упраздненных в XVIII в. приделов (Иоанна Крестителя и Иоанна Богослова) в честь Иоанна Предтечи) и 7 сентября 1652 г. освящен митрополитом Казанским и Свияжским Корнилием. Этот храм имел три разновеликих глухих шатра на трех восьмигранных основаниях, которые опирались на свод, перекрывавший удлиненный четверик. К храму примыкала трапезная, окруженная с трех сторон арочной галереей.

Из построек тех лет сохранилась 5-купольная бесстолпная Введенская церковь с типичным для XVII в. декором (наличники из фигурного кирпича) и невысокая восьмигранная колокольня с одним ярусом звона, увенчанным 3 рядами нарядных кокошников. К сожалению, не сохранился главный храм тех же лет — Иоанно-Предтеченский собор, представлявший значительную архитектурную ценность благодаря своей редкой трёхшатровой форме (по типу «Дивной» Успенской церкви в Угличе). В XIX в. он был разобран за ветхостью и в 1887—1894 гг. заменён новым, тоже трёхшатровым, собором (более крупных размеров), но и этот собор снесён в 1930-е гг. В остальном ансамбль сохранился почти без изменений как один из ценных архитектурных комплексов, определяющих облик центра Казани.

Монастырь всегда оставался небольшим и небогатым. Накануне реформы 1764 г. в его владениях числилось 90 крестьянских душ. По екатерининской реформе 1764 года монастырь подлежал упразднению и Архиепископу Вениамину Пуцек-Григоровичу стоило больших усилий отстоять Иоанно-Предтеченский монастырь, который хотя и остался «за штатом» — то есть без государственного жалования, но продолжал действовать.

В 20-х годах XVIII столетия между преемником митрополита Сампсона, епископом Иоакимом и астраханским губернатором Волынским, покровительствовавшим католикам-капуцинам, возник конфликт. Волынский добился перевода епископа из Астрахани и начал преследовать его сторонников. Настоятель монастыря архимандрит Иоасаф был схвачен и заключён в темницу, где Волынский под пытками вымогал у него казну и ценности монастыря. Настоятелю удалось спастись бегством. В 1723 году, пытаясь скрыть следы своих бесчинств, Волынский добился закрытия Иоанно-Предтеченского монастыря и учреждения в его стенах гарнизонного госпиталя. В обители не осталось ни одного монаха, однако богослужения не прекратились: их совершал белый священник. Сначала к нему на помощь присылали двух иеромонахов из Спасского монастыря, а потом прислали и второго белого священника.

Все это продолжалось до 1727 года, когда после настойчивых требований астраханского епископа Варлаама (Леницкого) монастырь был возвращён в епархиальное ведомство.

При новом настоятеле монастыря архимандрите Иларионе с 1727 по 1730 год были выстроены: каменная ограда и двухэтажный настоятельский корпус. В 1737 году при архимандрите Аркадии в первом ярусе монастырской колокольни был устроен храм в честь Святого Мученика Иоанна Воина.

В 1756 году при архимандрите Аароне стараниями надворного советника Фёдора Львовича Черкесова в монастыре была построена малая каменная церковь в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радосте».

После 1918 года в Кафедральный Благовещенский собор, архиерейский дом и здание консистории в Кремле стали недоступны из-за объявления Кремля закрытым военным городком. Епархиальное управление по распоряжению епископа Анатолия разместилось в Иоанно-Предтеченском монастыре, а роль кафедрального собора стал выполнять самый большой храм Казани — собор Богородицкого монастыря. Игумен Ивановского монастыря Ефрем был назначен настоятелем в Свияжский Успенский монастырь с возведением в сан архимандрита, а в ноябре 1922 того же года был арестован и сослан в Усть-Цильму (после ссылки жил в Рязани).

В монастыре разместился временно управляющий казанской епархией архимандрит Спасо-Преображенского монастыря Иоасаф (Удалов) вместе с о. Варсонофием и о. Венедиктом и чудом уцелевшим во время расстрела иеромонахом Успенского Зилантова монастыря Иосифом (Тюриным). 26 сентября из Москвы возвратился епископ Чистопольский Анатолий (Грисюк), вступивший во временное управление епархией.

В конце 1920-х в первые годы управления епархией в Ивановском монастыре жил епископ казанский Афанасий (затем он управлял епархией проживая в доме при Богоявленской церкви, после его конфискации в доме № 6 по улице Кирпичнозаводской).

К 1935 году обновленцы получили Тихвинскую и Варлаамовскую церкви. Обновленческое движение в Казани изначально имело немного сторонников, в связи с чем Введенский храм Ивановского монастыря стал малопосещаемым, чем и не преминули воспользоваться уполномоченные органы, решением заседания Культкомиссии от 27 ноября 1936 года Введенская церковь монастыря была закрыта, в ней разместили мастерскую «по привитию профессиональных навыков беспризорным и безнадзорным детям»

В 1992 года монастырь вернули Казанской епархии. Первым игуменом стал постриженник Троице-Сергиевой лавры игумен Давид (Кораблёв). В монастыре восстановлена рака святителя Германа, в которую вложена частица его мощей. При строительстве казанского метрополитена, несмотря на многочисленные письма и обращения общин Ивановского монастыря и Никольского собора, между монастырем и кафедральным Никольским собором, практически вплотную, был вырыт огромный котлован, в результате чего в Введенском храме постройки середины 17 века по стенам пошли большие трещины. Несмотря на косметический ремонт, памятникам архитектуры был нанесен серьёзный урон.

С 1994 года возобновились службы в отреставрированном Введенском храме. По времени восстановления, монастырь является вторым в Казанской епархии после Раифского. Известен своей благотворительной деятельностью (единственная в Казани бесплатная столовая для неимущих, обеспечение временной работой бездомных и т. п.).

По материалам azbyka.ru