Пре­по­доб­ный Нил Сто­ло­бен­ский ро­дил­ся в се­мье кре­стья­ни­на в не­боль­шом се­ле­нии Нов­го­род­ской епар­хии. В 1505 го­ду он при­нял по­стриг в оби­те­ли пре­по­доб­но­го Сав­вы Кры­пец­ко­го близ Пско­ва. По­сле 10 лет по­движ­ни­че­ской жиз­ни в ки­но­вии уда­лил­ся на ре­ку Се­рем­лю, в сто­ро­ну го­ро­да Осташ­ко­ва, где 13 лет вел стро­гую ас­ке­ти­че­скую жизнь в не­пре­рыв­ной бра­ни с коз­ня­ми диа­во­ла, ко­то­рые вы­ра­жа­лись в яв­ле­ни­ях при­зра­ков – га­дов и ди­ких зве­рей. Мно­гие жи­те­ли из окрест­ных мест ста­ли при­хо­дить к пре­по­доб­но­му за на­став­ле­ни­я­ми, но он стал этим тя­го­тить­ся и мо­лить Бо­га ука­зать ему ме­сто для по­дви­га без­мол­вия. Од­на­жды по­сле дол­гой мо­лит­вы он услы­шал го­лос: «Нил! Иди на озе­ро Се­ли­гер. Там на ост­ро­ве Сто­ло­бен­ском ты мо­жешь спа­стись!» От при­хо­див­ших к не­му лю­дей пре­по­доб­ный Нил узнал, где на­хо­дит­ся озе­ро и, при­дя ту­да, был по­ра­жен его кра­со­той.

Преподобный Нил Столобенский родился в семье крестьянина в небольшом селении Новгородской епархии. В 1505 году он приняв постриг в обители преподобного Саввы Крыпецкого близ Пскова.