«Возлюбленные! будем любить друг друга, потому что любовь от Бога, и всякий любящий рожден от Бога и знает Бога. Кто не любит, тот не познал Бога, потому что Бог есть любовь» (1 Ин. 4:7–8).

Степан Фомин родился 28 октября 1884 года в бедной крестьянской семье. После смерти родителей жил в семье старшего брата. Средний брат принял постриг в Оптиной пустыни. Степан окончил трёхклассную приходскую школу. Будучи слабым здоровьем, трудился не на поле, а был пастухом. Часто навещал брата в Оптиной пустыни.

В 1909 году принят в скит Оптиной пустыни келейником к старцу Иосифу. После смерти старца перешёл под духовное руководство к отцу Нектарию, был при нём келейником до 1923 года. В 1917 году пострижен в мантию с именем Севастиан.

В начале 1918 года Оптина пустынь была закрыта, но монастырь продолжал действовать под видом сельскохозяйственной артели. Многие послушники (в основном молодые) не выдержали тяжелого труда и суровых условий и покинули Оптину. На территории обители устроили музей. Скитов уже не было. Все жили практически одним днём. В 1923 году монастырские службы были полностью прекращены и власти начали выселять монахов. Братские келии сдавали в качестве летних дач.

В 1927 году отец Севастиан был рукоположен в сан иеромонаха.

После кончины иеросхимонаха Нектария Оптинского поехал служить на приход, настоятелем которого был прот. Владимир Нечаев, отец будущего митрополита Питирима (Нечаева), от которого впоследствии о. Севастиан примет схиму. 

После ареста прот. Владимира о. Севастиан заботился о его многодетной семье.

Батюшка старался устроить на приходе благоговейное монастырское пение, активно вёл борьбу с обновленцами и не оставлял общения с жившей в рассеянии братией Оптиной пустыни.

В феврале 1933-го был арестован. На допросах отвечал: «На все мероприятия советской власти я смотрю как на гнев Божий, она (власть) наказание для людей.  Говорил, что нужно молиться Богу, а также жить в любви, только тогда мы от этого избавимся. Я мало был доволен советской властью за закрытие церквей, монастырей, так как этим уничтожается Православная вера…».

В дальнейшем о. Севастиан рассказывал: «Когда меня принуждали отречься от Православной веры, то поставили в одной рясе на всю ночь на мороз и стражу приставили. Стража менялась каждые 2 часа, а я бессменно стоял на одном месте. Но Матерь Божия опустила надо мной такой “шалашикˮ, что мне было в нем тепло. А утром меня повели на допрос и говорят: “Коль ты не отрёкся от Христа, так иди в тюрьмуˮ».

Его приговорили к 7-летнему заключению на лесоповал, несмотря на слабое здоровье и повреждённую левую руку.

В лагере у о. Севастиана появляются духовные чада, постепенно собираются и ждут его освобождения прежние чада.

После освобождения в 1939 году поселился в пригороде Караганды. Он ходил по домам, совершал требы, хотя разрешения от властей не было. «Народ в Караганде был верный – не выдадут», – говорил батюшка. Со всех концов страны стали съезжаться духовные чада. Часто старец благословлял приезжавших к нему монахинь жить в какой-нибудь семье, что было в духе Оптинских старцев. Такие матушки становились как бы ангелами-хранителями дома.

В 1944 году община устроила себе домовую церковь в селе близ Караганды, село стало потихоньку заселяться верующими. В 1950-е годы жизнь общины начала налаживаться. Было получено разрешение на молитвенный дом, удалось добиться регистрации религиозной общины.

Батюшка сам подбирал себе священников. Вокруг него собралась монашеская женская община. О ней архиепископ Иосиф (Чернов) говорил: «Маленькая церковь, от земли не видно, а столп горит до неба».

22 декабря 1957 года возведен в сан архимандрита.

Отец Севастиан сохранял безупречное исполнение Церковного Устава, не допуская при богослужении пропусков или сокращений. В беседах его любимым образом был святой апостол Иоанн Богослов. Священник часто призывал паству к почитанию этого апостола Любви, приводил слова старца Нектария Оптинского о том, что мудрость, разум и рассудительность есть дары Святого Духа, которые приводят к благочестию.

Власти старались закрыть храм, но это им не удавалось: батюшка всякий раз обезоруживал их, и они удивлялись: «Что это за старичок такой, что мы сделать ничего не можем?».

Отец Севастиан всегда и во всём учил полагаться на Божий Промысл.

16 апреля 1966 года принял постриг в схиму от владыки Питирима (Нечаева).

Впитав в себя традиции и дух Оптиной пустыни, будучи учеником старцев, перенеся изгнания и заключения в большевицких концлагерях, он нёс своё старческое служение в столице центрального Казахстана – Караганде.

Преставился будущий преподобноисповедник 19 апреля 1966 года, на Радоницу. Погребён он был на Михайловском кладбище.

На Архиерейском Соборе в августе 2000 года причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания.