После мученической кончины святителя Филиппа († 23 декабря 1569 года) тело его было погребено в Отроче монастыре, в Твери. Иноки Соловецкой обители, где он прежде был игуменом, испросили в 1591 году позволение перенести его мощи в свой монастырь. Многострадальное нетленное тело было положено в могилу, приготовленную епископом Филиппом для себя еще при жизни, под папертью храма преподобных Зосимы и Савватия Соловецких, около гроба старца Ионы (Шамина), любимого наставника его в монашеских подвигах.

Святитель Филипп II (Колычев), митрополит Московский и всея Руси

29 апреля 1646 года игумену Соловецкой обители Илии послана была грамота Патриарха Иосифа о торжественном открытии мощей святителя и чудотворца Филиппа. 31 мая мощи переложили в новую раку и поставили в Преображенском соборе.

В 1652 году Никон, тогда еще митрополит Новгородский, предложил перенести в Москву мощи трех святителей-мучеников: митрополита Филиппа, Патриархов Иова и Ермогена. По благословению Патриарха Иосифа митрополит Никон отправился в 1652 году в Соловки за мощами святителя Филиппа и торжественно перенес их в Москву. В руки святого была вложена покаянная грамота царя Алексея Михайловича, в которой он молил о прощении грехов своего прадеда Иоанна Грозного, "склоняя" свою власть перед властью церковной. 3 июля святые мощи встречали в Москве: "пастырь, невинно изгнанный, был возвращен на свой престол". В Успенском соборе "на самой средине стоял он 10 дней" и во все дни с утра до вечера был звон, как в Пасхальную неделю. Затем святые мощи были поставлены в Успенском соборе у южной двери алтаря.

На месте встречи мощей святителя Филиппа московским духовенством и народом был воздвигнут крест, от которого получила свое название Крестовская застава в Москве (у Рижского вокзала).

Молитвы

Тропарь святителя Филиппа, митрополита Московского и всея Руси чудотворца, глас 5

Радостный возсия день светлаго торжества:/ днесь церковная расширяются недра,/ приемлюще духовных даров неоскудеемо боготворное сокровище,/ струю благодатей неисчерпаемую,/ источника чудесем обильна,/ чудотворивыя и священныя мощи твоя,/ святителю Филиппе./ Темже моли прославившаго тя Дародателя Христа Бога/ о воспевающих тя/ и кланяющихся священным мощем твоим.

Кондак святителя Филиппа, митрополита Московского и всея Руси чудотворца, глас 3

Яко солнце, днесь от земных недр возсияша/ честныя твоя мощи, святителю./ Землю же и воздух шествием твоим осветил еси/ и всех верных чудес богознаменьми облистал еси,/ чудотворец предивен и молитвенник к Богу о мире изящен явися./ Сего ради вопием ти:/ спасай нас теплым своим предстательством,/ яко ученик Божия благодати.

Молитва святителю Филиппу, митрополиту Московскому и всея Руси чудотворцу

О пречестная и священная главо и благодати Святаго Духа исполненная, Спасово со Отцем обиталище, великий архиерее, теплый наш заступниче, святителю Филиппе! Предстоя у Престола всех Царя, и наслаждаясь Света Единосущныя Троицы, и херувимски со Ангелы возглашая песнь Трисвятую, великое и неизследованное дерзновение имея ко Всемилостивому Владыце, молися паствы Христовы спасти людей, благостояние Святых Церквей утверди, архиереи благолепием святительства украси, монашествующих к подвигом добраго течения укрепи, град Москву и вся грады и страны добре сохрани и веру святую непорочну соблюсти умоли. Мир весь умири, от глада и пагубы избави ны и от нападения иноплеменных сохрани, старыя утеши, юныя накажи, безумныя умудри, вдовицы помилуй, сироты заступи, младенцы возрасти, плененныя возврати, немощствующия исцели и везде тепле призывающих тя и с верою притекающих к тебе и усердно припадающих и молящихся от всяких напастей и бед ходатайством твоим свободи. Моли о нас Всещедраго и Человеколюбиваго Христа Бога нашего, да и в день страшнаго пришествия Его шуияго стояния избавит нас и радости святых причастники сотворит со всеми святыми во веки. Аминь.