«Господин его сказал ему: хорошо, добрый и верный раб! в малом ты был верен, над многим тебя поставлю; войди в радость господина твоего» (Мф. 25:21).

Свя­щен­но­му­че­ник Фле­гонт ро­дил­ся 28 мар­та 1871 го­да в се­мье свя­щен­ни­ка Нико­лая Пон­гиль­ско­го. Окон­чив ду­хов­ную се­ми­на­рию, работал учи­те­лем в церков­но­при­ход­ской шко­ле. В 1895 го­ду был ру­ко­по­ло­жен во свя­щен­ни­ка.

Во вре­мя Пер­вой ми­ро­вой вой­ны слу­жил свя­щен­ни­ком и ис­пол­нял пас­тыр­ские обя­зан­но­сти в во­ен­ных ла­за­ре­тах. В 1915 году был на­граж­ден зо­ло­тым наперсным кре­стом и несколь­ко лет спу­стя воз­ве­ден в сан про­то­и­е­рея.

Про­то­и­е­рей Фле­гонт Пон­гиль­ский был аре­сто­ван в сен­тяб­ре 1929 го­да. Одновремен­но было аре­сто­ва­но несколь­ко де­сят­ков свя­щен­но­слу­жи­те­лей и мирян. Без­бож­ни­ки искали лю­бой по­во­д для уни­что­же­ния Церк­ви. И по­во­дом стала пе­ре­пис­ка ду­хо­вен­ства по поводу де­кла­ра­ции мит­ро­по­ли­та Сер­гия (Страго­род­ско­го), а так­же дей­ствия на­зна­чен­но­го мит­ро­по­ли­том Сер­ги­ем правящего ар­хи­ере­я – ар­хи­епи­ско­па Пав­ла (Бо­ри­сов­ско­го). Последний от­слу­жил служ­бу под Но­вый год в со­от­вет­ствии с но­вым граж­дан­ским ка­лен­да­рем, что бы­ло в то вре­мя не при­ня­то. Ве­ру­ю­щие уви­де­ли в этом по­ступ­ке на­ме­ре­ние ид­ти по пу­ти об­нов­лен­цев в уго­жде­нии без­бож­ни­кам.

Со­труд­ни­ки ОГПУ пи­са­ли в об­ви­ни­тель­ном за­клю­че­нии: «В ав­гу­сте 1928 го­да гла­ва ти­хо­нов­ской церк­ви… мит­ро­по­лит Сер­гий пуб­лич­но через пе­чать выпустил об­ра­ще­ние, в ко­то­ром при­знал, что за пе­ри­од ре­во­лю­ции ос­нов­ным прин­ци­пом цер­ков­ной по­ли­ти­ки по от­но­ше­нию к со­вет­ской вла­сти бы­ло положение: “ло­яль­ность к со­вет­ской вла­сти есть из­ме­на пра­во­сла­вию”. Выдвигая в про­ти­во­вес это­му прин­ци­пу по­ло­же­ние, что каж­дый ве­ру­ю­щий и цер­ков­но­слу­жи­тель без вся­ко­го ущер­ба для сво­ей ре­ли­гии мо­жет быть вполне ло­яль­ным граж­да­ни­ном Со­вет­ской Рес­пуб­ли­ки, Сер­гий при­звал всех ве­ру­ю­щих и пас­ты­рей стать на этот но­вый путь, а кто не мо­жет пе­ре­ло­мить се­бя, пред­ла­гал от­стра­нить­ся от цер­ков­ных дел и не ме­шать…».

От­ца Фле­гон­та об­ви­ня­ли в ан­ти­со­вет­ской де­я­тель­но­сти, состоящей в обсуждении со свя­щен­ни­ка­ми по­ло­же­ния Церк­ви в без­бож­ном го­су­дар­стве, откры­то ста­вя­щем сво­ей це­лью ее уни­что­же­ние. В январе 1930 года Кол­ле­гия ОГПУ вы­нес­ла при­го­вор, ка­са­ю­щий­ся трид­ца­ти трех об­ви­ня­е­мых – священнослу­жи­те­лей и ми­рян, про­то­и­е­рей Фле­гонт был при­го­во­рен к трем годам ссыл­ки в Се­вер­ный край. Осво­бож­ден в но­яб­ре 1932 го­да.

Отец Фле­гонт по­се­лил­ся в небольшом по­сел­ке на од­ной квар­ти­ре вме­сте с выслан­ны­ми за сто­ки­ло­мет­ро­вую зо­ну свя­щен­ни­ка­ми и устро­ил­ся ра­бо­тать сторо­жем на топ­лив­ный склад при же­лез­ной до­ро­ге. В 1937 го­ду поднялось беспо­щад­ное го­не­ние на Цер­ковь, ста­ли аре­сто­вы­вать­ не толь­ко священнослужи­те­лей, слу­жи­вших в хра­мах, но и тех, кто вер­нулся из ссы­лок и ла­ге­рей и оста­ва­лся без ме­ста. Про­то­и­е­рей Фле­гонт был аре­сто­ван 4 де­каб­ря 1937 го­да и за­клю­чен в тюрь­му. Сра­зу же по­сле аре­ста ему был устро­ен пер­вый и по­след­ний до­прос, после которого вынесен приговор. 9 де­каб­ря 1937 го­да тройка НКВД при­го­во­ри­ла его к де­ся­ти го­дам за­клю­че­ния в ис­пра­ви­тель­но-тру­до­вом ла­ге­ре. Про­то­и­е­рей Фле­гонт Пон­гиль­ский скон­чал­ся (может быть, расстрелян) 23 ап­ре­ля 1938 го­да в од­ном из ла­ге­рей и был по­гре­бен в без­вест­ной мо­ги­ле.

17 июля 2001 года причислен к Собору святых новомучеников и исповедников.